A história principal se foca em Naruto e seu desenvolvimento quanto ninja, junto com os seus amigos. Também se centra nas interações entre estes e a influência do ambiente em suas personalidades. Conforme transcorre a série, Naruto se relaciona com Sasuke Uchiha e Sakura Haruno, com quem forma o “Time 7”, juntamente com o sensei Kakashi Hatake.[3] Cabe mencionar que Naruto confia muito neles assim como em em outros personagens que irá conhecendo mais adiante. Enquanto eles aprendem novas habilidades e conhecem novas pessoas e lugares em suas missões, Naruto luta por seu sonho de se tornar o líder máximo de sua aldeia (Hokage) e ser reconhecido como alguém importante.[4] No início, a série se enfoca nos integrantes do Time 7, Naruto, Sasuke e Sakura.[5][6] Pouco depois, Orochimaru (um dos vilões mais procurados)[7] ataca a Aldeia Oculta da Folha, assassinando o Terceiro Hokage em um ato de vingança pessoal.[8] Isso acaba desencadeando que Jiraiya, um dos três ninjas legendários (Sannins),[9] inicie a busca da sua antiga companheira de equipe Tsunade para designá-la como a Quinta Hokage.[10] Durante a sua busca é revelado que Orochimaru quer encontrar Sasuke (a quem conhece por suas técnicas de dōjutsu)[11] para oferecer-lhe o poder que tanto deseja para matar seu irmão Itachi Uchiha,[12] responsável pelo assassinato de todo seu clã.[13][14] Sasuke aceita a proposta de Orochimaru e vai treinar com ele, traindo a sua aldeia.[15] Enquanto isso, Naruto decide fazer algo a respeito, e então resolve deixar a aldeia junto com Jiraiya durante dois anos e meio com o objetivo de treinar e preparar-se para a próxima vez que encontrar Sasuke, a quem tentará salvar.[16]
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